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   19世纪，云南的地主商人之间为争夺土地与矿权时常发生争执，经济权益的争斗常常导致乡绅权力之争。由于宗教信仰的不同和风俗习惯的差异，这些斗争逐渐演变成为汉族地主商人和回族地主商人之间的冲突，这些冲突日益激化。1845年，永昌府发生回汉互斗，官吏袒护汉人，大杀城内回民。1847年，杜文秀赴京控告永昌府残杀回民之事，清廷改变了态度，支持回民。永昌汉人起而反对官府，再次攻杀回民。清政府前后态度不一致，意在扩大矛盾，使回汉自相残杀。1856年5月，昆明发生回汉冲突，云南巡抚下令对“滋事”回民，格杀无论。昆明城内外，大肆搜杀回民三天，杀死回民约三千人。继而全生之内，不断的出现烧杀回民的惨剧。回民在忍无可忍，退无可退，求助官府主持公平的希望彻底破灭之后，愤慨而勇敢的举起了起义的大旗。回民起义在各地风起云涌，不久汇成两支大军：一支由马如龙、马德新为首，活动在滇南和滇东地区；一支由杜文秀领导，战斗在云南西部。

    1867年，杜文秀派二十万大军包围昆明城，久攻不下。1869年清军反攻，起义军失利，退回滇西。1872年，清军围困大理，杜文秀服毒就义，起义失败。

    李文学领导的彝族人民起义。

    在太平天国起义的影响下，彝族贫苦农民李文学在太平军战士王泰阶、李学东的帮助下，于1856年5月，率领五千多农民，在弥渡县瓦卢村天生营誓师起义。太平天国失败后，清军于1870年进攻哀牢山区，王泰阶、田四浪不幸牺牲。1872年，李文学支持杜文秀起义失败，不幸被俘，第二年惨遭杀害。起义军将士在首领被害之后还英勇抵抗，最后义军将士或牺牲、或失散，起义失败。